Arciděkanský chrám sv. Apolináře na Velkém předměstí patří k nejstarším církevním stavbám ve městě. Počátky jeho výstavby se kladou do poloviny 13. století. Původně byl zasvěcen Panně Marii. Je to dozajista onen kostel, který podle písemné zprávy z roku 1283 dal ohradit kamennou zdí pražský biskup Tobiáš z Bechyně. /Zeď byla odstraněna v polovině 18. století./ Ze stavby se však nezachovalo téměř nic, pouze raně gotický lomený sloupkový portál, který byl později zasazen do jižní obvodové zdi. Stavba nového kostela započala s největší pravděpodobností za arcibiskupa Arnošta z Pardubic. Nový chrám měl být mohutnou stavbou, o čemž svědčí monumentální presbytář, nesoucí prvky blízké par1éřovské huti.
Náležel k němu též kolegiální ústav sv. Kryštofa. Z konce 14. století také pochází postranní kaple Panny Marie na jižní straně. Stavba postupovala jen velmi zvolna, a tak k dokončení došlo pravděpodobně za arcibiskupů Jana z Jenštejna a Olbrama ze Škvorce, jejichž znaky jsou namalovány v presbytáři. Za husitských válek při obléhání města v roce 1422 a 1431 byl kostel vypleněn a vypálen. Stejný osud potkal i kostel sv. Fabiána a Šebestiána, který stával v místech mezi Radbuzou a nynějším Husovým náměstím, a kostel sv. Kunhuty v místech dnešní Pivovarské ulice. Současně zanikl i kolegiální ústav. Arciděkanský chrám zůstával dlouho ruinou.
Teprve na sklonku 15. století byl zásluhou arcijáhnů Neustupy ze Švamberka a Mikuláše z Budějovic znovu ve skromných poměrech zprovozněn. To už městu vládla světská vrchnost - Ronšperkové a po nich Lobkovicové. Za Lobkoviců byla na severní straně přistavěna renesanční hranolová věž, přičemž Původní věže obnoveny nebyly.
K přestavbě kostela do dnešní barokní podoby došlo v polovině 18. století za Františka Norberta Trauttmansdorffa z iniciativy arciděkana Johanna Antonína Wagnera. Zachován zůstal gotický presbytář s kaplí Panny Marie. Kostelní loď byla prodloužena o vstupní část s kůrem, byla zaklenuta třemi poli kleneb, některá okna byla zazděna a gotické prvky byly překryty novou barokní omítkou. Ve stejném stylu byl vybaven interiér. Stavba byla dokončena v roce 1769, kdy byl kostel znovu vysvěcen biskupem hrabětem z Herbersteinu.
Kostel doznal posléze významných změn při opravách v roce 1926-1927. V lodi byly odhaleny původní gotické prvky, pomocí průduchů byly odvlhčeny obvodové zdi.
Drobné opravy proběhly v 90. létech minulého století, kdy byla provedena výmalba interiéru, rekonstrukce střechy věže a byla položena noyá krytina na střechu lodi. Zásadní rekonstrukce celý objekt ještě čeká. Kostel sv. Apolináře je jednolodní obdélníková stavba s polygonálním presbytářem. Presbytář s opěráky a chrliči je zaklenut křížovou žebrovou klenbou. Vybavení je převážně barokní. Hlavní oltář se sochou sv. Assumpty a postavami světců pochází z 18.století, podobně jako boční oltáře, z nichž levý zdobí obrazy sv. Františka Paulánského a sv. Mikuláše. Na levém oltáři je obraz sv. Jana Nepomuckého z roku 1911 od horšovskotýnské malířky Paulíny Bauml, stejně jako o čtyři roky mladší obraz Panny Marie Bolestné na levém oltáři. Sochy a řezbářská výzdoba kazatelny a chrámových lavic jsou také barokní, podobně varhany na kůru, které se v současnosti opravují.
Mimořádně cenná je výzdoba kaple Panny Marie na jižní straně. Skládá se z pozdně gotických nástěnných maleb z doby kolem roku 1500, které se dobře dochovaly v horní polovině stěn a v klenbě. Znázorňují Pannu Marii Ochranitelku, kalvárii, postavy světců, výjevy z legendy o sv. Kateřině a unikátní pohled na gotický Horšovský Týn. V interiéru a po vnějších obvodových zdech bylo při opravách v létech 1926- 1927 instalováno na 25 historicky cenných náhrobních kamenů z let 1506 až 1834, např. náhrobník Bohuslava z Ronšperka, Ziguny z Gutštejna a Kryštofa Plachého z Třebnice.Ve zvonici věže je umístěn zvon, který daroval kostelu v roce 1898 kníže Karel Jan Trauttmansdorff. Ostatní zvony byly pořízeny ze sbírek občanů náhradou za zvony rekvírované v 1. světové válce.

Městský kostel sv. Petra a Pavla na náměstí Republiky vznikl patrně téměř současně se stavbou biskupského hradu a s vysazením města. Prvně se připomíná v 80. létech 13.století. Původně raně gotická stavba byla přestavěna ve stylu pozdní gotiky ve 2. polovině 15.století, kdy město ovládali Ronšperkové. Pozdně gotickou dispozici si kostel udržel i nadále, přestože byl dvakrát postižen ničivými požáry. Po požáru v roce 1547 nechal kostel opravit Jan ml. z Lobkovic, který je také v kostele pohřben. Jeho nádherný náhrobek byl zničen zřícenou klenbou při dalším požáru v roce 1708. Poté byl kostel zbarokizován. Při poslední rekonstrukci z let 1991-1992 byl opraven krov, vyměněna střešní krytina a obnovena fasáda. Kostel sv. Petra a Pavla je jednolodní stavba s polygoná1ním presbytářem, kterou po celém obvodu jistí gotické opěráky. Na severní straně je doplněna pětipodlažní věží s ochozem a barokní zvonicí opatřenou dvěma zvony. Původní velký zvon z počátku 17. století je nyní umístěn v nedaleké zvonici. Věž je v současnosti přístupná veřejnosti a poskytuje zajímavý pohled především na střed města.
Západní průčelí kostela zdobí barokní štít, členěný polosloupky a dvěma nikami, kde byly umístěny sochy sv. Petra a Pavla. Ty se nyní nacházejí na nádvoří státního zámku. Presbytář i loď jsou sklenuty valenou klenbou s lunetami, předsíň a podvěží jsou sklenuty křížovou klenbou.
Pozdně gotickou přestavbu pak připomíná gotický lomený portál s přetínanými pruty - původní vstup do kostela. V předsíni bylo v roce 1911 osazeno 11 náhrobníků významných měšťanů a duchovních. Byly sem přeneseny z podlahy lodi kostela. Vnitřní vybavení kostela pochází vesměs z období po roce 1708. Tvoří ho hlavní oltář a dva pobočné oltáře s výzdobou převážně z dílny chebského malíře Melchiora Ditricha. Obrazy představují Svatou rodinu, Boha Otce a Pannu Marii, sochy sv. Petra a Pavla, sv. Norberta a sv. Václava, na bočních oltářích pak sv. Jana Nepomuckého a sv. Josefa. Jeden z bočních oltářů je ozdoben obrazem malířky Paulíny Bauml. Kazatelna s reliéfy evangelistů a se sochou Krista Dobrého pastýře na stříšce, stejně jako lavice s páskovou a akantovou ornamentikou jsou barokní z první čtvrtiny 18. století.